الکتروفورز آگاروز ژل به روش Submarine

یکی از روش های متداول الکتروفورز افقی آگاروز ژل برای جداسازی اسیدهای نوکلئیک (DNA / RNA) ، انجام الکتروفورز باخواباندن ژل در بافر می باشد.

این متد به روش ساب مارین معروف است که برگرفته از نام زیردریایی است.

در این روش اسیدهای نوکلئیک (DNA/RNA) در بافر حل شده و بوسیله باقیمانده های فسفات بار منفی به خود می گیرند.در اینصورت اگر نمونه DNA به ژل آگاروز اضافه شده و در محلول بافر الکتروفورز شود ، به سمت آند تانک ( قطب مثبت ) مهاجرت (Migrate) میکند.

در این زمان با توجه به خاصیت الکی ژل ( Sieve effect of Gel ) مولکولهای بلند DNA در ساختار شبکه ای ژل آهسته تر از مولکول های کوتاه DNA حرکت میکنند و هر اسید نوکلئیکی دارای ضریب تحرک منحصر بفرد( Mobility ) متناسب با سایز خواهد بود.

نتیجه حرکت باندهای الکتروفورز با رنگهای فلورسنت ( اتیدیوم بروماید) رنگ آمیزی شده و تحت تابش نور UV قابل تشخیص میشوند.

سایز باند با مقایسه با یک مارکر نشان دهنده وزن مولکولی و همچنین اطلاعات ژنوتایپ آن از نتیجه ژل رنگ آمیزی شده براحتی استخراج میشوند.

یک مثال کاربردی روش ساب مارین ژنوتایپ نمونه هاست..

GenoTyping

سری الکتروفورزهای submerge جهت آنالیز ژنتیک پلی مورفیزم مناسب است چراکه سایز ژل بزرگ و درنتیجه فاصله مهاجرت باندها (migration) میتواند طولانی تر باشد.

همچنین الکتروفورز تعداد زیادی نمونه بصورت همزمان روی یک ژل قابل انجام میباشد که این مهم جهت تایید نمونه های PCR شده کاملا مناسب است.

روش معمول ژنوتایپ ( تشخیص ژنوم ها) شامل مراحل ذیل میباشد: